Der erste Burghausener Verein der auch Fußball anbot war der TV Burghausen. Die Fußballabteilung spaltete sich jedoch im Jahr 1922 ab und organisierte sich im 1. FC Burghausen. Nur acht Jahre nach der Gründung konnte der Verein bereits Erfolge in der A-Klasse vorweisen. Im Jahr 1930 schloss sich der 1. FC Burghausen dem neu gegründeten SV Wacker an.
Bereits in den ersten Jahren konnte der SV Wacker Burghausen Erfolge vorweisen. Zwei Jahre nach der Gründung wurde ein Sportplatz vor dem Wacker Werk errichtet. Im Jahr 1934 gelang dem Verein der Sprung in die Bezirksklasse, nur drei Jahre später mussten sie jedoch zurück in die A-Klasse.
Während des Zweiten Weltkriegs kam es zu einer Unterbrechung des Spielbetriebs. 1946 spielte die Mannschaft erneut in der B-Klasse und konnte drei Jahre später wieder den angestammten Platz in der A-Klasse einnehmen. Ein Jahr später gelang es dem SV Wacker ins Finale der oberbayerischen Meisterschaft einzuziehen, wurde jedoch vom FC Bayern München geschlagen.
Im Jahr 1960 schaffte es der Verein in die II. Amateurliga und drei Jahre später konnte der SV Wacker Burghausen in die I. Amateurliga aufsteigen. Als im Jahr 1963 die Ligen neu angeordnet wurden konnte der Verein in die Landesliga Süd aufsteigen. In der Landesliga angekommen stagnierten die Leistungen des Vereins. Zwischen 1978 und 1983 rutschte der Verein in die Bezirksliga ab, konnte sich jedoch 1983 wieder in die Landesliga hochspielen.
Der SV Wacker wurde in der Landesliga mit neuen Spielern wie Peter Stocker verstärkt, einen Aufstieg in die Bayernliga schaffte der Verein jedoch erst 1993. Nur zwei Jahre später konnte der SV Wacker Burghausen einen erneuten Aufstieg in die viergleisige Regionalliga bewerkstelligen.
Der Verein etablierte sich in der Liga und qualifizierte sich in der Saison 1999/2000 ohne Probleme für die zweigleisige Regionalliga. Die erste Saison war hart für den Verein und der Klassenerhalt gelang erst sehr spät. In der darauf folgenden Saison zeigte der SV Wacker Burghausen jedoch was in ihm steckt und meisterte einen souveränen Aufstieg in die 2. Bundesliga.
Zur Überraschung vieler meisterte der SV Wacker Burghausen die erste Saison in der 2. Bundesliga sehr gut. In der Saison 2003/04 drohte dem Verwein zwar der Abstieg, ein Klassenerhalt konnte mit großer Mühe jedoch noch erzielt werden. Nach einem Trainerwechsel konnte der Verein die nächsten zwei Jahre den Klassenerhalt ohne Probleme meistern. Auch ein Trainerwechsel Ende 2006 konnte einen Abstieg in die Regionalliga Süd nicht mehr abwenden.
Mit neuem Trainer startete der SV Wacker Burghausen in die erste Saison der 3. Liga und landete auf einem Abstiegsplatz, da eine andere Mannschaft die Lizenz zurückzog konnte der Verein jedoch auch in der Saison 2009/10 in der 3. Liga spielen. Auch ein Jahr später drohte der Abstieg, durch die Insolvenz eines anderen Vereins blieb Wacker Burghausen abermals in der 3. Liga.
