Die heutige Viktoria Aschaffenburg basiert auf der Fusion zweier Vereine. Zum einen wurde im Jahr 1901 als FC Aschaffenburg gegründet, zum anderen folgte ein Jahr später die Gründung des FC Viktoria Aschaffenburg. Im Jahr 2004 fusionierten die Vereine schließlich zum FC Viktoria Aschaffenburg. Zwei Jahre später wurde eine Leichtathletikabteilung an den Verein angegliedert, was eine Namensänderung zu SV Viktoria 01 Aschaffenburg nach sich zog.
Wenige Jahre später schaffte es die SV Viktoria sowohl Bezirks- als auch Gaumeister zu werden. Im Jahr 1920 wurde der Spielbetrieb aufgrund des Weltkriegs jedoch unterbrochen. Nach dem Krieg wurden einige neue Abteilungen gegründet.
Zur Zeit der Nationalsozialisten konnte die Viktoria Aschaffenburg nur eine Saison in der obersten Spielklasse, der Gauliga, spielen. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde die Viktoria Gründungsmitglied des Hessischen Fußballverbands. Innerhalb kurzer Zeit konnte die Mannschaft in die damalige höchste Spielklasse, der Oberliga Süd, aufsteigen. Somit gehörte Viktoria Aschaffenburg zwischen den Jahren 1946 und 1960 mit einer kurzen Unterbrechung zehn Saisonen lang zur Oberliga Süd. Am erfolgreichsten war der Verein in der Saison 1955/56 den fünften Tabellenplatz belegen konnte. Im Jahr 1960 musste Viktoria Aschaffenburg jedoch schließlich aus der Oberliga absteigen.
Drei Jahre lang spielte der Verein anschließend in der zweiten Oberliga Süd, musste danach aber in die Amateurliga Hessen absteigen. Für mehr als zwanzig lange Jahre spielte die Viktoria nun, mit kurzen Unterbrechungen, in der Amateurliga Hessen. Erst in der Saison 1984/85 wurde die Mannschaft Meister der Amateuroberliga und war auch in den Aufstiegsspielen erfolgreich. Die Viktoria Aschaffenburg landete somit in der 2. Bundesliga. Nach zwei Saisonen musste der Verein zwar absteigen, erreichte jedoch den sofortigen Wiederaufstieg. Ein Jahr später musste der Verein erneut absteigen. Am Ende der Saison 1991/92 wurde Viktoria zwar wieder Amateuroberliga Meister, war in den Aufstiegsspielen jedoch nicht erfolgreich.
In den folgenden Jahren stand Viktoria Aschaffenburg kurz vor einer Insolvenz. Durch die sportlichen Misserfolge verlor Aschaffenburg immer mehr Fans, was die finanzielle Situation weiter zuspitzte. Im Jahr 2003 erreichte der Verein mit dem Abstieg in die Landesliga seinen Tiefpunkt. Zwar schaffte die Mannschaft den sofortigen Wiederaufstieg aber die Folgesaison endete erneut auf den hinteren Plätzen.
In der Saison 2006/07 lief es bedeutend besser, allerdings verzichtete der Verein darauf sich für die Regionalliga zu bewerben. Noch vor Saisonbeginn 2007/08 bot Andreas Möller der Viktoria Aschaffenburg an das Team unentgeltlich zu trainieren. Sein Bekanntheitsgrad half neue Sponsoren aufzutun und kurze Zeit später hatte sich der Verein für die Regionalliga qualifiziert. Zu Saisonende verließ Möller den Verein jedoch und wurde durch Ronald Borchers ersetzt.
Im Mai 2009 trat Viktoria Aschaffenburg schließlich freiwillig aus der Regionalliga zurück und spielte somit ab der Saison 2009/10 in der fünftklassigen Hessenliga. Kurze Zeit später folgte ein erneuter Trainerwechsel.
Am Ende des Jahre 2009 stellte der Verein schließlich den Insolvenzantrag. Nach der Eröffnung des Insolvenzverfahrens wurde der Verein in die Verbandsliga Hessen Süd zurückgestuft. Ende 2010 war das Insolvenzverfahren schließlich beendet.
