Gegründet wurde der heutige SV Meppen im Jahr 1912 von einigen Gymnasiasten. Trotz einiger Fusionen in den Zwanzigern spielte der Verein auch regional kaum eine Rolle. Erst nach dem Zweiten Weltkrieg konnte die Mannschaft im Fußballgeschehen der Region Fuß fassen. Im Jahr 1947 gelang dem heutigen SV die Qualifikation für die neue zweitklassige Landesliga Weser/Ems. Allerdings musste der Verein zwei Jahre später in die Amateurliga Delmenhorst absteigen. Viele Auf- und Abstiege folgten, bevor sich der SV im Jahr 1958 schließlich in der Amateurliga Osnabrück/Emsland etablieren konnte. Nach weiteren Aufstiegen musste der Verein Mitte der 60er Jahre ein Abrutschen bis in die Amateurliga Niedersachsen hinnehmen.
Nachdem Hermann Michel im Jahr 1967 als Trainer engagiert wurde, kam der Erfolg zurück. Drei Jahre später gelang der Aufstieg in die Regionalliga. In den folgenden Jahren gelang es dem Meppenern sich in der Regionalliga zu etablieren. Im Jahr 1978 verpasste der SV Meppen jedoch den Klassenerhalt, der Abstieg in die Landesliga Niedersachsen erwies sich allerdings schon bald als Glücksfall.
Hans-Dieter Schmidt wurde der neue Trainer und setzte sich das Ziel den SV Meppen in die 2. Bundesliga zu führen. Schnell war der Aufstieg in die Oberliga Nord geschafft. Darüber hinaus qualifizierte sich der Verein das erste Mal für den DFB Pokal. Nach vorderen Plätzen in der Oberliga schaffte der SVM unter dem neuen Trainer Rainer Persike im Jahr 1987 schließlich Meister zu werden. Zusätzlich konnte der Verein in die 2. Bundesliga aufsteigen. In der 2. Bundesliga gelang es dem Verein schnell sich zu behaupten. Mitte der 90er gehörten sie gar zur Spitzengruppe. In der Saison 1997/98 war der Traum der 2. Bundesliga schließlich ausgeträumt und der SV Meppen musste als Vorletzter absteigen. Auch nach dem Abstieg lief es nicht besonders gut für den Verein und so verpasste die Mannschaft 2000 die Qualifikation für die zweigleisige Regionalliga.
Auch nach dem Abstieg in die viertklassige Oberliga hatte die Mannschaft lange Zeit um den Klassenerhalt zu bangen. 2001 musste der SV Meppen schließlich Insolvenz beantragen. In der Saison 2001/02 gehörte der SV Meppen spielerisch wieder zur Spitzengruppe. Da der Verein jedoch die Lizenzierungsunterlagen für die Regionalliga zu spät einreichte, wurde dem SVM der Start in der Regionalliga verwehrt. Zwei Jahre später schaffte der SV Meppen jedoch die Qualifikation für die eingleisige Oberliga Nord. Da er kurze Zeit später die dreigleisige Regionalliga verpasste, musste der Verein in die fünftklassige Oberliga Niedersachsen West absteigen.
Im Jahr 2010 führte Persike den SV Meppen in die eingleisige Oberliga Niedersachsen. In der Spielzeit 2010/11 wurde Johann Lünemann Trainer und führte die Mannschaft in die Regionalliga. In der zweiten Regionalliga Saison gelang es dem SV Meppen sich in der Liga zu etablieren.
