Im Jahr 1903 wurde der Sport Club Jugendkraft 1903 in Nowawes gegründet. Zwei Jahre später wurde, ebenfalls in Nowawes, auch der Fußball Club Fortuna 05 gegründet. Schließlich entschlossen sich im Jahre 1919 diese beiden Vereine dazu, zu fusionieren und begonnen noch im Sommer 1919 an der Kreisliga Berlin-Brandenburg unter dem Namen SV Nowawes 03 teilzunehmen.
Während des Nationalsozialismus schaffte der Verein einen Aufstieg in die Gauliga. Im Jahr 1938 folgte eine weitere Fusion zum SV Babelsberg 03. Eine weitere Fusion einige Jahre später, brachte zum einen den Namen Sportvereinigung Potsdam 03 und zum anderen einen Abstieg aus der Gauliga, der sie ab 1943 jedoch wieder angehörten.
Zahlreiche Umbenennungen und Spiele in der DDR später besann sich der Verein im Jahr 1991 zurück auf seine Wurzeln und wurde als SV Babelsberg 03 neu gegründet. Nur zwei Jahre später konnte die Mannschaft in die Verbandsliga aufsteigen. Abermals zwei Jahre später folgte der Aufstieg in die Oberliga, in der sie Meister wurden und sofort in die Regionalliga Nordost aufsteigen konnten. Im Jahr 1999 gewann der SV Babelsberg 03 den Landespokal in Brandenburg und durften am DFB Pokal teilnehmen. Auch in der darauffolgenden Saison gelang es Babelsberg den Landepokal zu gewinnen und sie qualifizierten sich für die neue zweigleisige Regionalliga.
Zu Beginn des neuen Jahrtausends überraschte der SV Babelsberg 03 mit einem Aufstieg in die 2. Bundesliga aus der sie zu Saisonende jedoch gleich wieder absteigen mussten. Finanzielle Probleme plagten den Verein und so mussten sie schließlich 2003 Insolvenz beantragen und in die Oberliga absteigen.
Zwar qualifizierte sich Babelsberg in den folgenden Jahren einige Male für den DFB Pokal, ein Aufstieg in die Regionalliga gelang ihnen allerdings erst 2007. Als nächstes Ziel setzte sich der Verein einen Aufstieg in die neu gegründete 3. Liga. Der Aufstieg in die neue 3. Liga ließ jedoch abermals einige Zeit auf sich warten. Erst in der Saison 2009/10 wurden sie Regionalliga Meister und durften in die eingleisige 3. Fußball Liga aufsteigen. Darüber hinaus erspielte die Reserve Mannschaft des SV Babelsberg 03 den Brandenburgischen Landespokal und somit auch das Recht am DFB Pokal 2011 teilzunehmen. Da das Startrecht im DFB Pokal für den gesamten Verein gilt, wird in den DFB Pokalspielen die erste Mannschaft vom SV Babelsberg 03 antreten.
